Hình ảnh Choibalsan tại đất nước Mông Cổ ngày nay có nhiều khác biệt; nhiều người vẫn coi ông là một anh hùng dân tộc Mông Cổ, nhưng những người phê bình ông thì cho rằng đó chỉ đơn thuần là kết quả của các hành động tuyên truyền và sùng bái cá nhân của ông. Một số người Mông Cổ tin rằng Choibalsan đơn thuần chỉ là một con rối của Stalin, và có ít sự lựa chọn trong các quyết định của mình. Đảng của Choibalsan, Đảng Nhân dân Cách mạng Mông Cổ, đã phê bình những "sai lầm" của ông, bao gồm hình thành nạn sùng bái cá nhân, năm 1956, cùng lúc với các chỉ trích nhắm vào Stalin của Nikita Khrushchev tại Liên Xô. Dù mô hình chính trị tại Mông Cổ đã thay đổi, thủ phủ của tỉnh Dornod (trước kia gọi là Bayantümen) vẫn tiếp tục mang tên ông, và tượng của ông vẫn được đặt trước Đại học Quốc gia Mông Cổ do ông thành lập vào năm 1942.